خویگان علیا، روستایی از توابع بخش مرکزی شهرستان فریدون‌شهر در استان اصفهان است.
به گزارش مشرق، این روستا تا چندی پیش ارمنی نشین بود و بزرگترین روستای ارمنی نشین ایران به حساب می‌آمد ولی با توجه به مهاجرت ارامنه، اکنون فقط شش خانواده دو نفره ارمنی در آن زندگی می‌کنند. این تنها روستایی است در ایران که دارای سه کلیسا بوده که یکی از آنها به نام حضرت “یوحنای مقدس” (تاریخ بنا بین 999-984 شمسی) به عنوان اثری تاریخی از دوره صفویه در سال ۱۳۸۶ به ثبت ملی رسیده است.یادآور می‌گردد؛ ارامنه از سال 1604 میلادی / 983 شمسی، پس از کوچ اجباری ارامنه توسط شاه عباس صفوی از شهرهای نخجوان و ایروان به اصفهان، در خویگان سکنی گزیدند.
