این قتل‌عام به مدت هفت روز ادامه داشت، بیش از چهارصد شهروند ارمنی، از جمله زن و کودک و سالمند، به فجیع‌ترین شکلی شکنجه شده و به قتل رسیدند. در این جنایت بسیاری از منازل ارمنیان این شهر مورد غارت قرار گرفته و به آتش کشیده شدند.
بنا بر اعلام سازمان دیده‌بان حقوق بشر، این قتل‌عام یک اقدام از قبل طراحی شده بود چرا که مهاجمان پان ترکیست فهرست اسامی و نشانی منازل ارمنیان شهر را در اختیار داشتند. در پی این کشتار، کمیته فرانسوی سازمان حقوق بشر هلسینکی با انتشار نامه سرگشاده، با اشاره به سلسله کشتارهایی که با رویه‌ای مشابه در باکو و سایر نقاط جمهوری آذربایجان علیه ارمنیان رخ داد، اعلام نمود که این جنایات اتفاقی نبوده‌اند بلکه به صورتی حساب شده و سازمان یافته و به منظور پاکسازی قومی و نسل‌کشی ارمنیان در این جمهوری به اجرا درآمده‌اند.
حزب (جبهه خلق آذربایجان) در روز ۱۳ ژانویه ۱۹۹۰ گروه عظیمی از تظاهرات کنندگان که در میدان (لنین) باکو جمع شده بودند، با فرارسیدن شب، با شعارهای، باکو بدون ارمنی‌ها و درود بر قهرمانان کشتار سومقاییت شروع به حمله به منازل ارمنی‌های باکو نمودند .
اعتبار محمد اف، از اعضاء (جبهه خلق)، در یک سخنرانی در روز ۲۴ آوریل ۱۹۹۰ در محل نمایندگی جمهوری آذربایجان در مسکو اظهار داشت:من شخصاً شاهد چگونگی قتل دو ارمنی بودم. مهاجمان روی آن‌ها بنزین ریختند و آن‌ها را به آتش کشیدند.
کمیته رفع تبعیض علیه زنان ، وابسته به سازمان ملل متحد، در گزارش خود در سال ۱۹۹۷ اشاره نمود که در جریان قتل‌عام ارمنی‌های باکو، موارد متعددی از قتل و شکنجه و تجاوز علیه زنان حامله و کودکان ارمنی در برابر چشمان والدین آن‌ها از سوی جنایتکاران پان ترکیست جمهوری آذربایجان رخ دادند. همچنین در این گزارش اشاره شده بود که این عناصر افراطی اقدام به داغ نمودن نشان صلیب بر روی بدن قربانیان ارمنی خود می‌نمودند.
در نهایت بعد از یک هفته قتل و غارت و تجاوز علیه ارمنیان باکو، با ورود نیروهای ارتش شوروی به این شهر، وضعیت فوق‌العاده اعلام شد اما این امر عکس العملی دیر هنگام بود که مانع از کشته شدن جمع کثیری از ارمنی‌های باکو و مهاجرت صدها هزار سکنه ارمنی این شهر نشد.
پارلمان اروپا در ۱۷ ژانویه ۱۹۹۰ با صدور قطعنامه‌ای از کمیته وزرای خارجه اروپا و شورای اروپا خواست تا اقدام‌های لازم را برای کمک به ارمنیان ساکن در شوروی به عمل آورند. همچنین در ۱۸ ژانویه نامه جمعی از اعضاء مجلس سنای آمریکا خطاب به رهبر شوروی در اعتراض به کشتار ارمنیان در باکو منتشر شد.
از سوی دیگر روزنامه نیویورک تایمز در روز ۲۸ ژوئیه ۱۹۹۰ نامه سرگشاده بیش از ۱۵۰ نفر از دانشمندان و فعالان حقوق بشر جهان را منتشر نمود که در آن قتل‌عام ارمنیان در باکو، اقدامی نژادپرستانه نامیده شده بود.
در روز ۲۹ مارس ۱۹۹۰ در جلسه غیر علنی شورای عالی شوروی که برای بررسی حوادث شهر باکو برگزار شد، نمایندگان جمهوری آذربایجان خواهان تشکیل کمیسیونی برای بررسی مسائل مربوط به ورود ارتش شوروی به باکو شدند اما در پی اظهارات مقامات عالی‌رتبه شوروی دربارهٔ جزئیات قتل‌عام ارمنیان در این شهر، مقامات جمهوری آذربایجان از پیگیری خواسته خود (به دلیل ترس از افشاء بیشتر جنایات پان ترکیست‌های این جمهوری) منصرف شدند و به این ترتیب عملاً پیگیری عوامل این جنایت از سوی حکومت شوروی مسکوت گذاشته شد.
